После завершения перевода святые братья отправились в Моравию, где были приняты с великой честью, и стали учить Богослужению на славянском языке. Это вызвало злобу немецких епископов, совершавших в моравских церквах Богослужение на латинском языке, и они восстали против святых братьев, утверждая, что Богослужение может совершаться лишь на одном из трех языков: еврейском, греческом или латинском. Святой Константин отвечал им: «Вы признаёте лишь три языка, достойных того, чтобы славить на них Бога. Но Давид вопиет: Пойте Господеви вся земля, хвалите Господа вси языци, всякое дыхание да хвалит Господа! И в Святом Евангелии сказано: Шедше научите вся языки..». Немецкие епископы были посрамлены, но озлобились еще больше и подали жалобу в Рим. Святые братья были призваны в Рим для решения этого вопроса. Взяв с собой мощи святого Климента, папы Римского, святые Константин и Мефодий отправились в Рим. Узнав о том, что святые братья несут особой святые мощи, папа Адриан с клиром вышел им навстречу. Святые братья были встречены с почетом, папа Римский утвердил богослужение на славянском языке, а переведенные братьями книги приказал положить в римских церквах и совершать литургию на славянском языке.
Находясь в Риме, святой Константин занемог и, в чудесном видении извещенный Господом о приближении кончины, принял схиму с именем Кирилл. Через 50 дней после принятия схимы, 14 февраля 869 года, равноапостольный Кирилл скончался в возрасте 42 лет. Отходя к Богу, святой Кирилл заповедал брату своему святому Мефодию продолжать их общее дело – просвещение славянских народов светом истинной веры. Святой Мефодий умолял папу Римского разрешить увезти тело брата для погребения его на родной земле, но папа приказал положить мощи святого Кирилла в церкви святого Климента, где от них стали совершаться чудеса.
После кончины святого Кирилла папа, следуя просьбе славянского князя Коцела, послал святого Мефодия в Паннонию, рукоположив его во архиепископа Моравии и Паннонии, на древний престол святого Апостола Андроника. В Паннонии святой Мефодий вместе со своими учениками продолжал распространять Богослужение, письменность и книги на славянском языке. Это снова вызвало ярость немецких епископов. Они добились ареста и суда над святителем Мефодием, который был сослан в заточение в Швабию, где в течение двух с половиной лет претерпел многие страдания. Освобожденный по приказанию папы Римского Иоанна VIII и восстановленный в правах архиепископа, Мефодий продолжал евангельскую проповедь среди славян и крестил чешского князя Боривоя и его супругу Людмилу (память 16 сентября), а также одного из польских князей. В третий раз немецкие епископы воздвигли гонение на святителя за непринятие римского учения об исхождении Святого Духа от Отца и от Сына. Святитель Мефодий был вызван в Рим, но оправдался перед папой, сохранив в чистоте Православное учение, и был снова возвращен в столицу Моравии – Велеград.
Здесь в последние годы своей жизни святитель Мефодий с помощью двух учеников-священников перевел на славянский язык весь Ветхий Завет, кроме Маккавейских книг, а также Номоканон (Правила святых отцов) и святоотеческие книги (Патерик).
Предчувствуя приближение кончины, святой Мефодий указал на одного из своих учеников – Горазда как на достойного себе преемника. Святитель предсказал день своей смерти и скончался 6 апреля 885 года в возрасте около 60 лет. Отпевание святителя было совершено на трех языках – славянском, греческом и латинском; он был погребен в соборной церкви Велеграда.